Un métabolite primaire est un type de métabolite qui est directement  impliqué dans la croissance, le développement et la reproduction  normale d'un organisme ou d'une cellule. Ce composé a  généralement une fonction physiologique dans cet organisme, c'est-à-  dire une fonction intrinsèque. 

Les métabolites primaires rassemblent  les acides aminés, les lipides, les carbohydrates  (glucides), les protéines et les acides  nucléiques.