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Les métabolites secondaires des plantes sont des composés chimiques synthétisés par les plantes (c.-à-d. des composés phytochimiques) qui assurent des fonctions non essentielles, de sorte que leur absence n'est pas létale pour l'organisme, contrairement aux métabolites primaires. Les métabolites secondaires sont impliqués dans des interactions écologiques entre la plante et son environnement. Les différents métabolites secondaires ont une distribution restreinte dans le règne végétal, et certains ne se trouvent que chez une seule espèce ou un seul groupe taxonomique. Des études biologiques plus récentes ont permis de démontrer que la plupart des métabolites secondaires exercent des fonctions de défense contre les prédateurs et les agents pathogènes, agissant comme agents allélopathiques (qui ont des effets sur d'autres plantes), ou pour attirer les pollinisateurs ou comme disséminateurs des graines La reconnaissance des différentes propriétés biologiques de nombreux métabolites secondaires a encouragé les recherches sur des applications telles que les médicaments, les antibiotiques, les insecticides et herbicides.